消毒是一種控制純化水設(shè)備微生物污染的重要手段，較常見的有熱力消毒法、紫外消毒法以及化學(xué)消毒法等。

      1.熱力消毒法

　　熱力消毒包括純蒸汽滅菌、巴氏消毒和過(guò)熱水消毒等。純化水系統(tǒng)的離子交換樹脂、反滲透、電滲析、電法去離子等裝置一般不宜采用高溫消毒，否則會(huì)產(chǎn)生老化、破碎或損壞。

　　2.紫外消毒法

　　用于消毒的紫外光波長(zhǎng)分別為254nm及185nm，常用波長(zhǎng)地254μm左右區(qū)段的紫外線對(duì)純化水消毒，它能降低水系統(tǒng)新菌落的生成速度，但對(duì)于浮游生物來(lái)說(shuō)，它僅是部分有效，通過(guò)照射，它殺滅水中微生物的量不超過(guò)90%。因此，它的穿透力較差，故其石英管應(yīng)定期清潔。

　　3.化學(xué)消毒法

　　化學(xué)方法消毒的材料種類很多，較常見的有氧類和氯類。氯類氧化劑有液氯、次氯酸鈉、次氯酸鈣、二氧化氯等;氧類氧化劑有臭氧、過(guò)氧化氫和高錳酸鉀等。

　　臭氧是一種強(qiáng)氧化劑，在水處理系統(tǒng)中對(duì)除臭、脫色、殺菌，除酚、氰、鐵、錳等都有明顯效果。考慮到化學(xué)方法消毒對(duì)純化水系統(tǒng)的殘留問(wèn)題，目前臭氧消毒在國(guó)內(nèi)藥廠的純化水裝置中有較多的應(yīng)用。 鹵化物是有效的消毒劑，但使用后難以從水處理系統(tǒng)中清洗掉，況且只有在較高濃度時(shí)，如達(dá)到百萬(wàn)分子300時(shí)，才能對(duì)生物膜發(fā)生作用。但過(guò)高濃度的消毒劑往往會(huì)對(duì)設(shè)備產(chǎn)生腐蝕，使用時(shí)必須權(quán)衡二者的利弊。